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苹果短信全部已读但仍显示数字，可能是因为短信中的某些通知尚未清除或者存在软件问题导致的。以下是一些可能的解决方法。
1、检查是否有未清除的通知：打开短信应用，查看是否有未清除的通知或提醒，如果有，将其清除后，短信应用的数字提示应该会消失。
2、重启设备：尝试重启设备，这有助于刷新系统并清除任何可能导致问题的缓存文件。
3、检查软件更新：确保您的iOS系统是最新版本，前往“设置”-“通用”-“软件更新”，如果有可用的更新，请下载并安装。
4、还原所有设置：如果以上方法无效，可以尝试前往“设置”-“通用”-“重置”-“还原所有设置”，此操作不会删除任何数据，但会重置设备的设置。
5、强制退出短信应用并重新打开：短信应用可能会出现一些暂时性的问题，可以尝试强制退出短信应用，然后重新打开，看看数字是否消失。
6、检查是否有其他应用干扰：有些第三方应用可能会与短信应用产生冲突，导致数字显示异常，可以尝试关闭其他正在运行的应用，看看问题是否得到解决。
如果以上方法均无效，建议联系苹果官方客服或前往附近的苹果专卖店寻求帮助。